基于全基因组 SNP 分析的乳酸乳球菌遗传多样性研究

项目说明

项目通过终端界面展示乳酸乳球菌全基因组SNP分析流程。第一张截图显示在SecureCRT会话中运行FastQC，对SRR29980894的1、2号fastq.gz文件进行质量评估，随后调用Trimmomatic进行接头去除与质量过滤，输出clean与unpaired文件。第二张截图显示执行遗传多样性分析脚本，读取35,990个SNP位点、28个样本，完成PCA、遗传距离矩阵、系统发育树构建与ANOVA分析，并输出fig2至fig5等图表；右侧记事本列出06_diversity_analysis.R、07_snp_density_heatmap.py、08_kegg_annotation.py三个脚本。